锡林郭勒国家级自然保护区管理局内设5个科室(所、中心)和11个基层管理站。
一、 办公室
负责机关文秘、档案、保卫、信息、督察、后勤、规章制度等日常工作，协调机关政务工作；负责会议组织、综合材料和保护区管理局所属二级单位的机构编制、人事、劳资、财务决算和财务统计以及旅游资源的开发管理、旅游计划定制等工作。

二、 科教科
负责保护区内的常规性研究，各类生态系统的动态监测；承担国际、国内有关部门下达的科研任务和合作研究项目以及保护区申请立项的科研工作；负责科技档案、科研监测仪器、设备、图书影像资料的管理；负责保护区法律法规和自然保护科普知识等方面宣传教育工作。

三、 资源管护科
认真贯彻执行《中华人民共和国森林法》、《中华人民共和国草原法》、《中华人民共和国自然保护区条理》、《内蒙古锡林郭勒国家级自然保护区管理条理》、《锡林郭勒国家级自然保护区管理办法》等有关法律、法规；对保护区自然环境、各功能区、设施设备依法保护管理；负责保护区内行政案件的查处和开发项目及环境影响评价的审批；负责保护区内外来物种的引入的审批和物种基因管理；指定保护区内资源保护管理计划，负责日常管理、防火、病虫鼠害防治和旅游景区管理以及保护区范围内旅游度假村环境卫生的管理，并指导基层管理站业务工作。

四、 森林公安派出所
负责保护区内关于破坏森林、草原等植被和地质地貌、野生动植物资源以及保护区设施设备等刑事案件的查处；负责保护区内防火检查、木材运输的监督管理、并维护保护区社会治安；协助资源管护科搞好日常工作。

五、 野生动物救护中心
负责协调解决因各种因素造成栖息环境的破坏而导致野生动物生存困难等问题；救助伤残野生动物。
六、设11个基层管理站
2个了望塔管理站、2个试验去管理站和7个核心区管理站。